Non si discosta molto dalla serie animata, nel third impact shinji è costretto a scegliere se vuole ancora un mondo di sofferenze, o unificare tutti in un unica entità. Alla fine sceglierà nuovamente il mondo di sofferenza perché c'è anche gioia.
In più del anime, parlano della madre, e c'è un po' più di passato. Ma è comunque trascurabile.